Chúng ta không biết rõ là Neferhotep I đã qua đời trong hoàn cảnh nào sau triều đại kéo dài 11 năm của mình. Người kế vị của ông là người em trai, Sobekhotep IV, người có lẽ là vị vua quan trọng nhất của vương triều thứ 13.[3] Một người em trai khác, Sihathor, xuất hiện trên cuộn giấy cói Turin với tư cách là người kế vị nhưng dường như ông ta chỉ cai trị vài tháng với vai trò là đồng nhiếp chính với Neferhotep I và chưa bao giờ là một vị vua độc lập, dường như là vì ông ta đã qua đời trước người anh của mình. Sau điều này, có khả năng rằng Neferhotep I đã phong cho người em trai Sobekhotep IV làm đồng nhiếp chính. Có hai bản khắc từ Sehel miêu tả Neferhotep I, Sihathor và Sobekhotep IV, điều này có thể có nghĩa rằng họ có thể đã cai trị cùng nhau,[12] mặc dù Sihathor được tuyên bố là đã qua đời trên cả hai bản danh sách.[4] Một mảnh bằng chứng khác đó là một bản khắc từ Wadi Hammamat cho thấy đồ hình của Neferhotep I và Sobekhotep IV nằm ngang hàng, và cạnh nhau.[4][57] Một số nhà Ai Cập học xem đây là bằng chứng cho một giai đoạn đồng trị vì giữa hai vị vua, trong khi những người khác bao gồm cả Ryholt, bác bỏ cách giải thích này và cho rằng bản khắc trên đã được Sobekhotep tạo ra để tôn vinh người em đã khuất của mình.[3][4]

Theo các nhà nghiên cứu, các mốc trị vì của ông có thể là:

• 1747 - 1736 TCN: theo Donald Redford[58]
• 1742 - 1733 TCN: theo Kim Ryholt[59]
• 1741 - 1730 TCN: theo Nicolas Grimal[60]
• 1740 - 1729 TCN: theo Gae Callender[61]
• 1721 - 1710 TCN: theo Erik Hornung, Rolf Krauss và David Warburton[62]
• 1705 - 1694 TCN: theo Thomas Schneider[63]